O ciclo de estudos está em consonância com as orientações do modelo de ensino europeu acordado em Bolonha. Para a obtenção do diploma de Mestre em Biologia Aplicada, são necessários 120 ECTS, o que corresponde a 4 semestres (2 anos letivos) para estudantes a tempo inteiro.
O Mestrado visa aprofundar conhecimentos fundamentais e transversais das diferentes áreas da Biologia e a aquisição de competências que permitam integrar a utilização sustentável de recursos biológicos. Para tal, existe uma forte articulação entre as diversas unidades curriculares e correspondentes metodologias, privilegiando a utilização de estudos de caso no desenvolvimento de conhecimentos avançados em Biologia Aplicada. Este Mestrado tira ainda partido das inúmeras possibilidades de pesquisa proporcionadas pelo arquipélago da Madeira, através do estudo de modelos biológicos in situ, bem como de sinergias resultantes de projetos de spin-off de utilização de recursos biológicos (e.g. economia azul).
O Mestrado em Biologia Aplicada pretende formar estudantes com elevado espírito crítico e capacidade de utilização e interpretação de conhecimentos científicos, com forte ligação aos aspetos práticos e aplicados das ciências biológicas, pelo que oferece uma formação académica sólida e integrada, que enfatiza a vertente aplicada da Biologia, e desenvolve competências específicas e transversais: sociais, formais, metodológicas, científicas e éticas, bem como o espírito crítico necessário à resolução dos problemas biológicos colocados na actualidade.
O Mestrado é leccionado por docentes doutorados da Faculdade de Ciências da Vida e especialistas convidados de outras instituições que estimulam uma cultura de proximidade com os alunos, acompanhando-os no seu percurso curricular.
Em Portugal, este ciclo de estudos encontra-se reconhecido (mediante Ofício da Direção Geral da Administração Escolar) para efeitos de progressão na carreira dos docentes do Ensino Básico, 3.º Ciclo e Ensino Secundário, para o grupo de recrutamento 230, 520.